Vía aérea: Nuquí cuenta con el Aeropuerto Reyes Murillo que recibe vuelos de aeronaves muy pequeñas desde Medellín con las aerolíneas ADA y Satena. Estos vuelos duran 50 minutos. Desde Quibdó y con las mismas aerolíneas, el vuelo tarda 15 minutos.
Vía terrestre: No hay acceso terrestre a Nuquí desde el interior del país, pero si por las costas desde poblaciones aledañas.
Vía acuática: Aunque no hay acceso por vía fluvial, sí lo hay por vía marítima desde Buenaventura, en un trayecto que tarda 8 horas en completarse, o desde Bahía Solano, de 2 horas.
Nuquí está a 182 kilómetros de Quibdó, aproximadamente.